En 1985, Su Santidad Juan Pablo II visitó Perú. Motivados por dicha visita, los iniciadores del Camino Neocatecumenal, Kiko Argüello, Carmen Hernández y el P. Mario Pezzi, hicieron una llamada vocacional a los jóvenes pertenecientes a estas comunidades en el Perú. Se ofrecieron más de 100 jóvenes para prepararse al presbiterado.

             En 1986, por recomendación hecha al P. José Luis Del Palacio y al P. Antonio Garciandía, responsables del Camino Neocatecumenal en el Perú, de parte del Emmo. Sr. Cardenal  Antonio María Javierre, entonces Secretario de la Congregación para la Educación Católica, y de Mons. Ripa, minutante de la misma Congregación, se inició la formación de los candidatos al sacerdocio bajo el cuidado del Excmo. y Rvdmo. Mons. Ricardo Durand Flórez, S.I., Arzobispo-Obispo del Callao. Con este propósito, Mons. Durand erigió el Seminario para Vocaciones Adultas “Juan Pablo II”, que empezó a funcionar con 26 seminaristas en una casa pequeña, pero adecuada, situada en el Distrito de La Punta del Callao (Perú).

             Inicialmente se estudiaba en este Seminario solamente las disciplinas filosóficas, a cargo del entonces Rector P. Juan José Armendáriz y un equipo de profesores integrado por cinco personas. Los estudios teológicos se hacían en la Facultad de Teología Pontificia y Civil de Lima.

            En los años siguientes, el número de seminaristas y de personal destinado a su formación  fue aumentando y, al mismo tiempo, se definió con mayor claridad la finalidad propiamente  misionera del Seminario. Más adelante, en 1989, el Excmo. Arzobispo-Obispo del Callao, a petición de Kiko Argüello, Carmen Hernández y el P. Mario Pezzi, consideró oportuno cambiar el nombre del Seminario para Vocaciones Adultas “Juan Pablo II” a Seminario Diocesano  Misionero “Redemptoris Mater y Juan Pablo II”, con el objetivo de “formar presbíteros diocesanos para la Nueva Evangelización del Perú, de América Latina y del Mundo”, siguiendo los Estatutos y Regla de Vida del Seminario “Redemptoris Mater” de la Diócesis de Roma.

             En octubre de 1990, S.E. Mons. Ricardo Durand, S.I., nombró nuevo Rector del Seminario Diocesano Misionero Redemptoris Mater y Juan Pablo II al P. Ángel Ciriza Aguirre, quien hasta ese momento se encontraba como Vice-Rector del mismo. El Rector anterior fue destinado al Seminario “Redemptoris Mater” de Madrid (España).

             A partir de 1992, debido a que el número de alumnos de filosofía y teología era de unos 70 y que también había aumentado el profesorado, se vio conveniente asumir en el Seminario los tratados teológicos. El 24 de enero de 1992, la Conferencia Episcopal Peruana, a petición del Ordinario, reconoció explícitamente los estudios filosóficos y teológicos de nuestro Seminario y el 4 de febrero del mismo año, después de analizar el plan de estudios, declaró al Seminario Diocesano Misionero “Redemptoris Mater y Juan Pablo II” como “Centro Educativo de Segundo Ciclo de Educación Superior”.

            El mismo año 1992, el Ministerio de Educación del Perú reconoció y registró al Seminario en la Dirección General de Educación Superior, mediante Resolución Directoral N° 1303-92-ED. Dicha Resolución fue ratificada en enero de 1995 por el Decreto Supremo N° 06-95-ED del Presidente de la República, concediendo al Seminario la facultad de otorgar, a nombre de la Nación Peruana, los títulos de Profesional en Ciencias Filosóficas, Profesional en Ciencias Teológicas, Profesor de Religión con título pedagógico, y el Diploma de Competencia para los respectivos estudios.

            Esta nueva dimensión académica del Seminario exigió la ampliación del local. Para este fin, gracias a Dios, se adquirieron varios  inmuebles, entre ellos una antigua casona colindante con el Seminario y calificada como monumento histórico-artístico. Después de la restauración, obra que mereció la aprobación y el elogio del Instituto Nacional de Cultura, esta casona se inauguró como sector académico en 1994. El nuevo ambiente de estudios supuso un aumento considerable en las áreas docentes, así como las de servicios complementarios y, en especial, la destinada a la Biblioteca.

             En 1994 el Sr. Arzobispo-Obispo del Callao crea la Cátedra “Vaticano II y Nueva Evangelización” cuya finalidad es “el estudio de los temas de mayor actualidad en el desarrollo teológico de la Iglesia, a la vez que difundir la sana doctrina y la obediencia al Magisterio de la Iglesia, contando con la presencia de profesores de prestigio, del país y del extranjero”. Desde sus inicios, esta Cátedra la dirige el Rvdo. Dr. D. José Luis Del Palacio y Pérez-Medel.

            En 1995  S. S. Juan Pablo II aceptó, por razones de edad, la renuncia al oficio pastoral de Mons. Ricardo Durand Flórez, S.I.. Asumió el gobierno de la Diócesis el hasta entonces Obispo Coadjutor, Mons. Miguel Irizar Campos, C.P., quien confirmó todos los cargos, así como los Estatutos y Regla de Vida del Seminario.

            En 1998 la Congregación para la Educación Católica emitió el Decreto de Afiliación del Seminario “Redemptoris Mater y Juan Pablo II” del Callao a la Facultad Filosofía de la Pontificia Universidad Urbaniana., pudiéndose otorgar desde entonces el grado de Bachiller en Filosofía.